Что прозойдёт при импорте товаров из 1С:Управление торговлей при случайном совпадении артикула товара в 1С с артикулом другого товара в Magento?

Например,

в магазине на Magento уже имеется 2000 товаров, а в базе 1С есть 4000 товаров, из которых 2000, которые в магазине.

Вопрос:

Что случиться с текущими товарами при синхронизации, если SKU совпадают?

Если при импорте товаров из 1С:Управление торговлей в интернет-магазин на Magento артикул товара в 1С:Управление торговлей совпадает с артикулом товара в Magento, при том, что это — разные товары, то система назначит импортируемому товару в интернет-магазине другой артикул.

А как система понимает что товар "разный", если артикул одинаковый?

Система при синхронизации товаров и других учётных объектов (цены, типы товаров, свойства товаров, заказы) между интернет-магазиномy на Magento и 1С:Управление торговлей сопоставляет их по внутреннему идентификатору учётного объекта в 1С:Управление торговлей.
Это и другие архитектурные решения являются частью стандарта CommerceML 2.
Ровно так же работает, например, стандартный модуль 1C:Битрикс Управление сайтом в редакции Бизнес для обмена данными с 1С:Управление торговлей.

Спасибо, прояснили. Есть еще вопрос, не уверен что нужно создавать отдельную ветку.

Идентификатор товара 1С храниться в виде атрибута в Magento? Если вручную задать идентификаторы текущим товарам в Magento, которые будут совпадать с идентификаторами в 1С, возможно ли будет избежать создания новых (дублирующих товаров)?

Да, внешние идентификаторы из 1С:Управление торговлей хранятся в Российской сборке Magento в виде свойств учётных объектов: товаров, разделов, заказов и т.д.
Случайное сопадение внешних идентификаторов невозможно в виду их длины.