Будут ли статьи отображаться в товарно меню официально поддерживаемых оформительских тем?

Попробую спросить иначе. Работает ли оглавление статей в товарном меню оформительских тем, которые официально поддерживаются сборкой?

Да, будут.
Некоторые некачественные разработчики сторонних тем переопределяют стандартный системный класс верхнего меню с целью реализации каких-либо визуальных эффектов этого меню, и, тем самым, нарушают работоспособность других модулей (в том числе и модуля Статьи 2.0).
При адаптации таких тем к Российской сборке Magento такие дефекты тем исправляются, в том числе и требуемые теме визуальные эффекты достигаются не правками системного программного кода, а посредством JavaScript и CSS.