Настроил выгрузку товаров и разделов номенклатуры в 1С с Магенто. В настройках 1С указал дерево групп. На картинке ниже видно, что один и тот же раздел номенклатуры "Мультисистемные джойстики" включен в три разных раздела дерева группы (отмечены красным)

При синхронизации с Российской сборкой Магенто дерево групп отлично синхронизируется. А вот товары, которые должны попасть в три подраздела дерева групп попадают только в один.
Здесь видно, что товаров нет:

Здесь видно, что товары есть:

Ожидаемое поведение
При синхронизации товары, которые принимаю участие в формировании дерева групп в разных каталогах через настройках импорта 1С, должны соответственно попасть в разделы категорий Магенто.
Конфигурацию и доступ скинул в личку.
Спасибо