Мне нужны от модуля 1С функции, отсутствующие в официальном стандарте

Можно ли наладить выгрузку 3-х уровневого (бренд-группа-товар) справочника номенклатуры из УТ 10.3 в веб магазин? Если можно - то как?

В чём конкретно сейчас заключается разница между текущим поведением системы и требуемым?

Сейчас при выгрузке на сайт 3-х уровнего справочника номенклатуры выгружаются только последние два уровня: создаётся раздел в "Default category" в соответствии с названием группы товара и в него помещается этот товар.

Нужно, чтобы при выгрузке номенклатуры также создавались подразделы всех уровней, а не только последнего.

Прикрепите иллюстрации из 1С:Управление торговлей и интернет-магазина.

Иллюстрации здесь ни при чём.
Обратите внимание на пример файла обмена с сайтом по номенклатуре:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<КоммерческаяИнформация ВерсияСхемы="2.05" ДатаФормирования="2013-06-22T21:22:44">
	<Классификатор>
		<Группы>
			<Группа>
				<Ид>06b426f6-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Банная линия</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<Ид>0ceaee45-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Парфюмерия мужская</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<Ид>0ceaee42-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Дезодоранты</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<Ид>0ceaee56-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Парфюмерия женская</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<Ид>0ceaeefa-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Миниатюры мужские</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<Ид>0ceaee36-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Наборы</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<Ид>0ceaee9c-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Миниатюры женские</Наименование>
			</Группа>
		</Группы>
	</Классификатор>
...

Здесь группы задаются одним уровнем, поскольку не указываются родители. Но для текущего клиента требуется, чтобы такие связки задавать можно было. Например, через тег "РодительИд":

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<КоммерческаяИнформация ВерсияСхемы="2.05" ДатаФормирования="2013-06-22T21:22:44">
	<Классификатор>
		<Группы>
			<Группа>
				<Ид>11111111-1111-1111-1111-111111111111</Ид>
				<Наименование>Верхняя группа 1</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<Ид>22222222-2222-2222-2222-222222222222</Ид>
				<Наименование>Верхняя группа 2</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<РодительИд>11111111-1111-1111-1111-111111111111</РодительИд>
				<Ид>06b426f6-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Банная линия</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<РодительИд>11111111-1111-1111-1111-111111111111</РодительИд>
				<Ид>0ceaee45-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Парфюмерия мужская</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<РодительИд>11111111-1111-1111-1111-111111111111</РодительИд>
				<Ид>0ceaee42-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Дезодоранты</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<РодительИд>11111111-1111-1111-1111-111111111111</РодительИд>
				<Ид>0ceaee56-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Парфюмерия женская</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<РодительИд>22222222-2222-2222-2222-222222222222</РодительИд>
				<Ид>0ceaeefa-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Миниатюры мужские</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<РодительИд>22222222-2222-2222-2222-222222222222</РодительИд>
				<Ид>0ceaee36-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Наборы</Наименование>
			</Группа>
			<Группа>
				<РодительИд>22222222-2222-2222-2222-222222222222</РодительИд>
				<Ид>0ceaee9c-9fe8-11e2-a23d-00e06f1289bf</Ид>
				<Наименование>Миниатюры женские</Наименование>
			</Группа>
		</Группы>
	</Классификатор>
...

или расскажите какая существует практика без доработки файла обмена

Если Вам нужны от модуля 1С функции, отсутствующие в официальном стандарте обмена данными между 1С:Управление торговлей и интернет-магазином, то либо добавьте их самостоятельно, либо обратитесь в 1С за изменением официального стандарта обмена данными.

Предоставьте мне все необходимые данные в соответствии с регламентом, и я подумаю, что можно сделать.

может у вас не добавлен официальный модуль в конфигурацию 1с ?(здесь на форуме есть описание как это сделать)
т.к у меня Российская сборка полностью делает дерево каталога(номенклатуры) как в 1с и файл выгрузки import.xml выглядит вот так(соответственно не нужен ИД родитель)(УТ 10.3.21.2):

<Группы>
    <Группа>
        <Ид>27ca1331-26a7-11e2-b54f-742f68ccd0fb</Ид>
        <Наименование>1. Холодильное оборудование</Наименование>
        <Группы>
            <Группа>
                <Ид>27ca133e-26a7-11e2-b54f-742f68ccd0fb</Ид>
                <Наименование>1.2. Компрессоры</Наименование>
                <Группы>
                    <Группа>
                        <Ид>27ca1344-26a7-11e2-b54f-742f68ccd0fb</Ид>
                        <Наименование>1.2.2. Полугерметичные</Наименование>
                        <Группы>
                            <Группа>
                                <Ид>27ca1347-26a7-11e2-b54f-742f68ccd0fb</Ид>
                                <Наименование>1.2.2.1. поршневые</Наименование>
                            </Группа>
                        </Группы>
                    </Группа>
                </Группы>
            </Группа>
        </Группы>
    </Группа>
</Группы>