Почему после переноса сайта в другую папку модули из Magento Connect устанавливаются в прежнюю?

Здравствуйте Дмитрий.
У меня такая неприятная ситуация с этими модулями
установил Magento в папку ../magento/ все настроил, проверил потом перенес в корень но модули по прежнему устанавливаются в папку ../magento/
и мне приходится в ручную ставить на место... Magento вер. 1.4.0.1

Плюс к этому при установке права на папок устанавливается 777 а файлы 666

Возможно, вам после перемещения файлов надо правильно установить корневой адрес вашего магазина Magento.

web/unsecure/base_url
web/secure/base_url
в порядке, стоит корневой каталог
base_url я изменил перед перенося...

К стать base_url можно изменить в Admin panel Система=>Конфигурация=>Интернет

а на что менять, по буквам не подскажете?

ну на адрес где установлен движок если вы переносите его на другой домен или в другой каталог
по умолчание движок был в http:// сайт.ру/magento/ потом перенес его в корневой каталог и и поменял запись на http:// сайт/ в базе

В устаревших версиях Magento Community Edition (а у Вас именно такая, судя по дате вопроса) для устранения данной проблемы надо удалить файл downloader/pearlib/pear.ini.
Также удалите весь кэш.