Есть ли возможность ставить количество баллов в процентах - например 5% от стоимости заказа

Есть ли возможность ставить количество баллов в процентах - например 5% от стоимости заказа. Если нету много ли придется переработать в модуле для реализации такой функции.

Да, такая возможность есть.

Администратор указывает в настройках модуля два курса:

• курс обмена учетной валюты магазина на баллы
  
• курс обмена баллов на учётную валюту магазина

Как сказано в документации, первый курс - курс обмена учетной валюты магазина на баллы - указывает, сколько баллов получит покупатель за покупку. Например, если этот курс равен 20 к 1, то за покупку в 100 рублей покупатель получи 5 баллов.

У меня в настройках установлено 100 грн. = 3 балла, 1 балл = 1 грн.
Вопрос, как правильно сконфигурировать эти моменты, чтобы покупателю зачислялось 3% от покупки?

3% = 3 / 100.
Поэтому если курс обмена баллов на учётную валюту магазина для простоты сделать 1 к 1, то установка курса обмена учетной валюты магазина на баллы как 100 к 3 моделирует зачисление покупателю 3% от покупки.