Как мне перестроить индексы, если мой дешёвый хостинг ограничивает время выполнения скриптов?

захожу в System->Index Management. Делаю Reindex Data для всех индексов. Для Catalog URL Rewrites это действие не применяется. Есть ли другой способ обновить индексы?

Какое состояние или поведение вашей системы вы обозначаете термином «не применяется»?.

там лимит в 30 секунд. А есть какой то другой способ обновить их?

Видимо, вы используете дешёвый хостинг, и он ограничивает время выполнения скриптов в вашем магазине.
Перестроить индексы можно так же с командной строки.
Правда, дешёвые хостинги зачастую ограничивают и такой вариант.
Самым разумным решением будет перенести магазин на нормальный сервер.

Fatal error: Maximum execution time of 30 seconds exceeded in /var/www/virtual/wir-entwickeln.de/norvik/htdocs/lib/Varien/Object.php on line 88 Fatal error: Class 'Mage' not found in /var/www/virtual/wir-entwickeln.de/norvik/htdocs/app/code/core/Mage/Core/functions.php on line 244 Fatal error: Class 'Mage' not found in /var/www/virtual/wir-entwickeln.de/norvik/htdocs/app/code/core/Mage/Core/Model/Mysql4/Session.php on line 88
не думаю что это через хостинг.

Напрасно не думаете.
Как перестроить расчётные таблицы с командной строки?