Таким образом, у вашего магазина с точки зрения поисковых систем будет 2 главные страницы с одинаковым сореджимым.
Для перенаправления <ваш сайт>/index.php в <ваш сайт>/ при уже включенной опции Use Web Server Rewrites в корневой файл .htaccess допишите сразу после RewriteEngine on (примерно 117 строка):
RewriteBase / RewriteCond %{HTTPS} !=on RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /(.*)index\.php\ HTTP/ [NC] RewriteRule ^.*$ http://www.example.com/%1 [R=301,L] RewriteCond %{HTTPS} =on RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /(.*)index\.php\ HTTP/ [NC] RewriteRule ^.*$ https://www.example.com/%1 [R=301,L]
Не забудьте поменять www.example.com на домен вашего сайта.