Появляется окно с сообщением: «Обнаружены ссылки на следующие объекты, непомеченные на участии объединении».

Ни в коем случае нельзя нажимать «Пометить всё для объединения» - это может перетереть важные объекты 1С:Управление торговлей. Вместо этого надо нажать «Продолжить».