mysqlcheck --user=<логин к mysql> --password=<пароль к mysql> --auto-repair --check --optimize --all-databases
Упрощённо говоря, данная программа работает примерно так же, как всем известные программы дефрагментации жёсткого диска персонального компьютера, и регулярное выполнение данной программы позволяет вернуть ту скорость работы с БД, которая была в первые дни промышленной работы магазина.