Определить перечень изменяемых какой-либо заплаткой SUPEE файлов можно на сайте magentary.com.
Этот перечень зависит от используемой версии Magento Community Edition.
Автор этого сайта рекомендует использовать подготовленные им файловые архивы для ручной установки заплаток (без применения официальных скриптов *.sh).
Однако такое ручное применение (перезапись файлов) без детального анализа может повредить магазин, потому что официальные скрипты *.sh вносят изменения в программный код точечно и анализируя контекст, а ручная перезапись файлов перетирает файл с программным кодом целиком.
Поэтому я рекомендую использовать этот сайт лишь для определения переченя изменяемых какой-либо заплаткой SUPEE файлов, для дальнейшего детального анализа заплатки.