При работе различных сторонних модулей (а в ранних версиях Magento - порой и при работе ядра) может происходить сбой chmod(): Operation not permitted.
Причиной этого сбоя является невозможность интерпретатора PHP изменить права доступа к каким-то файлам или папкам.
В таком сбое обычно в некоторой степени виноваты обе стороны: и разработчик модуля (который не предусмеотрел, что прав на chmod может не быть), и администратор магазина (который отнял такие права).
Операцию chmod имеют право выполнять только владелец объекта (файла, папки), над которым производится эта операция, и суперадминистратор (root): http://unix.stackexchange.com/a/68453
Обратите внимание, что даже прав на удаление файла недостаточно для смену прав доступа к нему.
Для устранения сбоя администратору нужно назначить пользователя операционной системы, от лица которого работает интерпретатор PHP, владельцем всех файлов внутри папки, где установлена Magento.
Обратите внимание, что Magento никаких файлов за пределами своей установочной папки не меняет (и сторонние модули этого не делают).