Это дефект используемых на Вашем сервере системных библиотек (скорей всего —
библиотеки GD, которую интерпретатор PHP использует через свой стандартный
модуль GD).
Дефект не воспроизводится при использовании свежих версий программного обеспечения.
В частности, дефект не воспроизводится на настраиваемых мной
рекомендуемых серверах, где я использую самые свежие версии интерпретатора PHP и системных библиотек для операционной системы Debian.
В такой среде водяной знак накладывается правильно, без дефектов прозрачности: