При наличии нескольких магазинов и отсутствии лицензии на некоторые из них не всегда работают ЧПУ

Проблема 1 (основная)
В YML файле ссылка на товар имеет вид (ЧПУ без категории)

http://growit.ru/store/hesi-bloom.html

При переходе по ссылке происходит редирект на адрес вида (без ЧПУ):

http://growit.ru/store/catalog/product/view/id/99

Т.е урлы в YML в маректе никогда не совпадает с конечным адресом - соответственно - не будут работать ценовые сниппеты в яндексе.

Соответствуют ли расчётные таблицы актуальному состоянию информационной базы магазина?

Да, специально еще раз проверил - обновил из консоли

Обновитесь до версии 2.17.11, а затем перестройте расчётные таблицы.