Для устранения этой ошибки увеличьте допустимое время отклика в настройках nginx (nginx.conf):
http { (...) send_timeout 3600; ## 1 час proxy_read_timeout 3600; ## 1 час (...) server { (...) location ~ .php$ { (...) fastcgi_read_timeout 3600; ## 1 час (...) } (...) } }