Где можно указать номер товарно-транспортной накладной

Где можно указать номер товарно-транспортной накладной? И так чтобы он отправлялся покупателю на email

Отображение номера накладной зависит от купленного вами модуля доставки.
В стандартной комплектации никаких товарно-транспортных накладных нет.
Однако есть документ о доставке (shipping), он отсылается покупателю системой, когда администратор оформляет доставку на административном экране доставки.
Однако документ о доставке служит целям административного учёта в магазине, что не совсем соответствует назначению товарно-транспортной накладной.

В этом документе есть поля "Информация о доставке и отслеживании" Может сюда вносить номер накладной? или в комментарии к "История доставки"?

Да, можно ввести номер накладной в графу "Информация о доставке и отслеживании".

Если вы сделаете это в момент оформления документа-доставки из административной части, то система даже вышлет этот номер покупателю вместе со всем документом-доставкой.

Если же вы добавите номер отслеживания уже после оформления документа-доставки, то система уже не вышлет номер отслеживания покупателю, однако покупатель может его увидеть в личном кабинете.

Обратите внимание, что номер отслеживания - это всего лишь номер, а не товарно-транспортная накладная.