Как перекрыть базовый шаблон?

• Создайте свой пакет тем (на одном уровне с пакетом frontend/base).
  
• Создайте внутри пакета свою тему (можно назвать её default - тогда она будет етмой по умолчанию для пакета).
  
• Назначьте ваш пакет тем текущим пакетом тем магазина.
  
• Скопируйте базовый шаблон, который требуется изменить, в свою тему по тому же пути, по какому он располагался в пазовой теме.
  
• Измените шаблон.

Пункты 1-3 надо делать единократно (не для каждого шаблона).
Править базовую тему - неправильно, потому что другие темы наследуются от неё, и она сама обновляется с новыми версиями Magento.