YML не содержит разделы, в которых нет публикуемых на Яндекс.Маркете товаров, но которые являются родительскими для разделов с публикуемыми товарами

Для примера есть категория:
<category id="363" parentId="360"><![CDATA[Аксессуары для бассейнов]]></category>
а Id="360" в файле не описывается, это категории первого уровня.
ссылка на формирование yml:

http://groosha.com.ua/df-yandex-market/yml/?store-view=default

В чем может быть проблема?

Модуль «Яндекс.Маркет» добавляет в файл YML только те разделы, которые содержат публикуемые на Яндекс.Маркете товары.
Раздел 360 не попал в файл YML, потому что он не содержит публикуемые на Яндекс.Маркете товары.

Скорей всего, Яндекс.Маркет никак не использует разделы типа раздела 360, потому что Яндекс.Маркет использует свою собственную, единую для всех интернет-магазинов, классификацию товаров («категория товарного предложения» в терминах Яндекс.Маркета).

Однако, файлы YML в настоящее время всё шире используются вне Яндекс.Маркета (в частности, в качестве удобного формата и инструмента выгрузки товарного-каталога из интернет-магазина для дальнейшей обработки товарного каталога внешними программами, веб-сервисами, информационными системами).
Этим внешним программам, веб-сервисам, информационным системам может быть важна полная классификация товара в интернет-магазине, полная иерархия товарных разделов для данного товара.

По этой причине, начиная с версии 2.36.1, модуль «Яндекс.Маркет» Российской сборки Magento добавляет в файл YML не только те разделы, которые содержат публикуемые на Яндекс.Маркете товары, но и все товарные разделы, стоящие выше по иерархии товарных разделов.
Теперь раздел 360 должен попадать в файл YML.