Российская сборка Magento, начиная с версии 2.13.12, умеет автоматически распознавать на страницах магазина дубли библиотеки jQuery и удалять их.
Для витрины эта опция расположена в разделе:
«Система» → «Настройка» → «Российская сборка» → «Витрина» → «Другое» и называется
«Удалять с витринных страниц сторонние копии библиотеку jQuery при наличии на этих страницах библиотеки jQuery Российской сборкой Magento?»
Для административной части эта опция расположена:
«Система» → «Настройка» → «Российская сборка» → «Административная часть» → «Другое» и называется
«Удалять с административных страниц сторонние копии библиотеку jQuery при наличии на этих страницах библиотеки jQuery Российской сборкой Magento? »
По умолчанию эта опция включена как для витрины, так и для административной части.