В Российской сборке Magento в верхнем административном меню выберите пункт «Система» → «Настройки».
На открывшемся экране в левой области откройте вкладку «Общие» → «Интернет».
На открывшемся экране в центральной области выберите раздел «Поисковая оптимизация (SEO)» → «Убирать ли «index.php» из адресов страниц?»
После этого очистите кэш Magento и перейдите на главную страницу магазина.
Из адресов страниц должна пропасть часть "index.php".