Как указать разную стоимость доставки для разных регионов России?

Если вы используете Российскую сборку Magento, то вы можете указать разную стоимость доставки для разных регионов России можно посредством стандартного модуля Table Rates.

Модуль доставки Table Rates: пошаговая инструкция
Ещё одна небольшая инструкция от меня
Инструкция по настройке модуля Table Rates из официального руководства администратора Magento

В графе Region/State указывайте код субъекта Российской Федерации.

Справочник кодов:
коды субъектов РФ на Википедии
коды субъектов РФ на klerk.ru