Система может писать предупреждение «Warning tax discount configuration might result in different discounts than a customer might expect» в Magento Community Edition 1.13, Magento Enterprise Edition 1.8 и в Российской сборке Magento версий ниже 2.32.3.
В Российской сборке Magento версии 2.32.3 и выше предупреждение будет другим:
«Учёт налогов в Вашем интернет-магазине настроен таким образом,
что налогооблагаемой базой является стоимость заказа до вычета скидок,
что для России сомнительно само по себе и может неприятно удивить покупателя при оформлении заказа,
потому что интернет-магазин выставит покупателю счёт на сумму, большую, чем может ожидать покупатель.
Крайне рекомендуется установить значение «после вычета скидок» для опции «Система» → «Настройки» → «Продажи» → «Налоги» → «Параметры начисления налогов»»:
Вот этом тексте содержится инструкция по устранению данного предупреждения.