Можно ли для каждой витрины указать свои способы оплаты?

а можно ли для каждого бутика настроить свой способ оплаты? (разные акк пейпал, методы доставки и т.д. )

Для большинства качественно сделанных модулей оплаты — можно.
Для этого вам нужно на экране «Система» → «Настройки» («System» → «Configuration») в девом верхнем углу задать область действия настроек, и затем для указанной области действия задать и сохранить настройки (в вашем случае — включить или отключить требуемые модули оплаты).