Billing Agreement — это, по сути, соглашение о безакцептном списании.
В контексте Magento такое соглашение — трёхстороннее: между магазином, покупателем и платёжной системой.
В роли платёжной системы в контексте Magento пока может выступать только PayPal (billing agreement — их термин), однако подобные формы платежей существуют повсеместно, и имеются (под другими именами) у других платёжных систем и финансовых организаций.
По сути, покупатель даёт разрешение магазину и PayPal на то, что PayPal будет списывать со счёта покупателя в пользу магазина денежные средства в размерах указанного покупателем предела без дополнительного согласования со стороны покупателя.
Классический пример применения billing agreement — оплата комиссий eBay при продаже там товаров. Разрешая безакцептное списание таких комиссий в пользу eBay, продавец на eBay избавляется от необходимости оплачивать их вручную.