Как программно узнать, подтвердил ли покупатель свой адрес электропочты?

Какая именно таблица и какое поле отвечает за активирован или неактивированные емейл?

Критерием подтверждения адреса электропочты покупателем является пустое значение свойства confirmation.
Обратите внимание, что для хранения покупателей Magento использует модель хранения EAV, поэтому данные хранятся сразу во многих таблицах, и напрямую править их - признак некачественного решания задачи.