Как скомпилировать Magento с командной строки

Команду надо запускать из корневой папки Magento с полномочиями пользователя операционной системы, от лица которого работает интерпрератор PHP при обслуживании обычных запросов веб-сервера.
На стандартном сервере Magento устанавливается в папку /var/www/<название домена магазина>, а интерпрератор PHP при обслуживании обычных запросов веб-сервера работает от лица пользователя www-data.

php -f shell/compiler.php -- compile

Смотрите также: зачем нужна и как работает компиляция Magento.